In de onderbouw-klassen van het Alberdingk Thijm College worden de leerlingen zorgvuldig voorbereid op de zelfstandiger manier van werken die in de Tweede Fase en in het vervolgonderwijs nodig is. Niet alleen de school, ook de maatschappij vraagt van leerlingen veel kennis en een groot aantal vaardigheden op tal van terreinen. Zelfstandigheid en eigen initiatief spelen een steeds belangrijker rol. De docent is en blijft de vakman die zijn kennis overdraagt aan de leerlingen. Daarenboven begeleidt de docent de leerlingen op de weg naar hun zelfstandigheid. Leerlingen werken zowel individueel als in groepjes. Individuele momenten van zelfwerkzaamheid en verantwoordelijkheid voor zelfstandig werken en onderzoek wisselen met meer traditionele lessituaties. De leerstof wordt ingedeeld in zogenoemde leereenheden die steeds afgerond worden met een eindtoets. De manier van werken gaat van zelfwerkzaamheid via zelfstandig werken naar zelfstandig leren. Bij dit proces verandert de rol van de docent. Aanvankelijk (in de eerste jaren) is de rol van de docent tijdens het leerproces nog erg sturend, maar in de loop van de schoolloopbaan moet de leerling leren steeds meer zelf verantwoordelijkheid te dragen voor zijn leerproces. Dat betekent niet dat de docent dan minder te doen zou hebben. Het begeleiden van de leerlingen bij hun leerproces, het volgen van de prestaties van de leerlingen en het individueel begeleiden vraagt steeds veel aandacht van de docent. In de hoogste klassen van havo en vwo is de leerstof geordend volgens het PTA (Programma voor Toetsing en Afsluiting). Dat zijn een aantal afgeronde leerstofeenheden. Het schoolexamen is verspreid over het examenjaar én de voorexamenjaren. Met behulp van werkwijzers worden de leerlingen geholpen bij hun leerproces.