In het eerste leerjaar van het Alberdingk Thijm College kun je kiezen uit drie soorten brugklassen: gymnasium, vwo/havo en havo. De keuze tussen deze stromen wordt vooral bepaald door het advies van de basisschool, de uitslag van de Cito-toets (of een vergelijkbaar onafhankelijk meetinstrument) en de voorkeur van jezelf en je ouders. Leerlingen moeten wel een havo-perspectief hebben om tot het ATC te worden toegelaten. De brugperiode duurt op het ATC drie jaar, omdat we uit ervaring weten dat het belangrijk is de keuze tussen de verschillende afdelingen zo lang mogelijk uit te stellen. Wel is geregeld, dat overstappen van de ene naar de andere stroom gedurende de eerste drie jaren mogelijk is. In de gymnasiumafdeling krijg je in de eerste klas Latijn en mythologie en in klas twee en drie krijg je daar het vak Grieks bij. In de vierde klas moet je minstens één klassieke taal kiezen. Op het ATC wordt veel nadruk gelegd op de manier van werken van de leerlingen. Vanaf de eerste klas wordt elke leerling geleerd het schoolwerk te plannen. Dit gebeurt door middel van werkplannen voor de verschillende vakken, die via de digitale leeromgeving aan de leerling ter beschikking worden gesteld. De lesstof wordt in de lessen op zodanige wijze gebracht, dat de docent een korte instructie geeft en de leerlingen veel zelf moeten doen. Het lesmateriaal op de laptops en de gebruikte boeken zijn zodanig op elkaar afgestemd dat de leerling actief bij de les betrokken wordt. De docent heeft naast het geven van instructie vooral een coachende rol. Deze manier van werken stelt hem in staat zijn leerlingen ook individueel goed te begeleiden. Uit een enquête onder leerlingen en ouders blijkt dat de manier van werken waarvoor op het ATC gekozen is (de verzelfstandiging) erg goed bevalt en tot goede resultaten leidt. Latijn: Vwo-leerlingen die aan het eind van leerjaar één alsnog naar het gymnasium willen en hiervoor over aantoonbaar voldoende capaciteiten te beschikken, kunnen een inhaalprogramma in de zomerschool volgen voor het vak Latijn. Ook in leerjaar twee moet dan nog een stuk inhaaltraject worden gelopen. Vanaf de tweede klas van het vwo is het mogelijk Latijn als extra vak te kiezen. Dit is bedoeld voor die leerlingen die niet voor de gymnasiumstroom hebben gekozen, maar die toch interesse in het vak hebben en na eerste jaar hebben laten zien een extra vak aan te kunnen. Spaans: In plaats van Duits kunnen havo- en vwo-leerlingen aan het eind van het eerste leerjaar kiezen voor het volgen van Spaans. Spaans is een examenvak in de bovenbouw.